Der monumentale Komplex der Medicikapellen, der im Laufe etwa zweier Jahrhunderte abgeschlossen wurde, ist in engem Bezug zu der Kirche S. Lorenzo zu sehen; diese kann als „offizielle" Kirche der Medici bezeichnet werden, die ihr den Vorzug gab, seitdem die Familie in dem nahegelegenen Palazzo der Via Larga ihren Wohnsitz hatte (heute Palazzo Medici-Riccardi, s.u.) und die auch bereits seit dem 15. Jh damit begannen, sich dort beisetzen zu lassen (Giovanni di Bicci und seine Gattin Piccarda beispielsweise wurden in der Alten Sakristei beerdigt, die wie die Kirche von Brunelleschi entworfen wurde). Doch das spezifische Projekt, hier ein großes Familiengrab zu schaffen, nimmt mit dem Jahr 1520 seinen Lauf, als Michelangelo sich an den Bau der Sacrestia Nuova (Neuen Sakristei) machte, auf Anregung des Kardinals Guilio de' Medici, dem späteren Papst Clemens VII., der beabsichtigte, einigen berühmten Mitgliedern der Familie ein Grabdenkmal zu errichten: Lorenzo il Magnifico und dem Bruder Giuliano, dann Lorenzo Herzog von Urbino und Giuliano Herzog von Nemours. Nachdem 1524 der architektonische Teil abgeschlossen war, widmete Michelangelo sich bis 1533 den Skulpturen, die die Wände schmücken sollten, die sich um die Sarkophage mit deren ganz eigenen Struktur zogen; tatsächlich jedoch vollendete er nur die Statuen von Lorenzo duca di Urbino und von Giuliano di Nemours sowie die allegorischen Figuren von Tag und Nacht, Morgenrot und Abenddämmerung und die Gruppe Madonna col Bambino (Madonna mit dem Kinde), an deren Seite sich heute die Santi Cosma e Damiano (Schutzheilige der Medici) befinden, die jeweils von Montorsoli und von Baccio da Montelupo geschaffen wurden, beide Schüler von Michelangelo Buonarroti.

Das starke und deutliche Ganze der architektonischen Struktur und der mächtigen Skulpturen Michelangelos verweist auf eine komplexe Symbolik, in der das menschliche Leben angedeutet wird, in dessen Verlauf der Gedanke und das Handeln interagieren bis hin zur Befreiung der Seele nach dem Tod, nach einer philosophischen Auffassung, die der ausgeprägten Spiritualität des Künstlers besonders am Herzen lag.

Es sei darauf hingewiesen, daß in einem kleinem Raum unter der Apsis zahlreiche Skizzen aus der Hand Michelangelos aufgefunden wurden; diese wurden, wie damals oft praktiziert, direkt auf die Wände aufgezeichnet, und lassen eine Beziehung mit den Statuen und Ornamenten der Sakristei vermuten.

Fürstenkapelle
Es handelt sich um einen prunkvollen und bombastischen Grabkomplex, dessen Bau durch den Architekten Matteo Nigetti sich von 1604 bis 1640 erstreckte, nach einem Entwurf von don Giovanni de' Medici, einem Mitglied der Familie, der sich in alles andere als dilettantischer Weise mit Architektur befaßte. Das Mausoleum sollte mit seiner großen Kuppel und seinem von Marmor glänzenden Innern von der Größe der mediceischen Dynastie zeugen, die sich bereits sicher auf dem Thron der Toskana festgesetzt hatte. So ist der achteckige Saal, der die Leichname der Großherzoge beherbergen sollte, beinahe vollständig mit Schmucksteinen und Marmor ausgetäfelt, und die großen Sarkophage versehen mit Bronzestatuen in Nischen. Die Ausführung der Intarsien (Einlegearbeiten) aus Schmucksteinen, zu welcher die anspruchsvollen und hochspezialisierten großherzoglichen Werkstätten für Schmucksteine (Opificio delle Pietre dure) zusammenwirkten, zogen sich aufgrund schwer zu findenden Materialien und der sehr hohen Kosten über Jahrhunderte hinweg.

Die Kuppel beispielsweise, die ursprünglich mit einer Auskleidung mit Lapislazuli geplant war, blieb bis zum Ende der Dynastie der Medici bloß und wurde 1828 von Pietro Benvenuti mit Fresken versehen, die auf Wunsch der neuen lothringischen Dynastie Szenen des Alten und Neuen Testaments darstellen.