Das Museum, das erste dieser Art in Europa, entstand im Jahre 1869 auf Betreiben von Paolo Mantegazza, Arzt und Anthropologe, und hat seinen Sitz im „Palazzo Nonfinito“ (wörtlich: unvollendeter Palast), dessen Bau im 1593 nach einem Entwurf von Bernardo Buontalenti begonnen wurde.

Das Belegmaterial, das größtenteils von den wissenschaftlichen Missionen der Florentiner Schule für Anthropologie zusammengetragen wurde, umfaßt Materialien über die - heute untergegangenen - Urkulturen zahlreicher außereuropäischen Völker (Wohnungen und Haushaltsgerätschaften, Kleidung, Waffen, Boote, Kulturgegenstände, etc.); antike osteologische Sammlungen, die bedeutende Erkenntnisse für die paleoanthropologische Erforschung Italiens liefern sowie neuere Knochenfunde (zahlreiche Schädel aus den verschiedenen Erdteilen) für somatische Studien über die italienischen Bevölkerungsteile wie auch außereuropäische Völker.

Aus wissenschaftlicher Sicht hochinteressant sind auch die fotografischen Zeugnisse und die Dokumente aus dem Archiv sowie die Gipsothek, die sich vorwiegend aus Gesichtsmasken aus Gips von den Ureinwohnern Afrikas, Asiens, und Ozeaniens zusammensetzt.

In der 1. Etage des Gebäudes sind nach geographischen Gesichtspunkten geordnete Sammlungen aus Afrika, Asien, Amerika und Ozeanien ausgestellt; das Erdgeschoß ist dem Indischen (gegründet im Jahre 1885 von den Sanskritforscher A. De Gubernatis) gewidmet, das seit 1913 dem Anthropologischen Museum einverleibt wurde; ferner gibt es einen Abschnitt über Tibet sowie über die physische Evolution des Menschen.

Auch vorübergehenden Ausstellungen bieten diese Räume Platz. An das Museum ist zudem eine wertvolle Spezialbibliothek angeschlossen.