Von der Kirche S. Maria Maddalena de’ Pazzi aus gelangt man über die Krypta zur „Sala Capitolare" (Kapitulerssaal) des alten Zistersienserklosters, in dem sich, noch an ursprünglicher Stelle, das monumentale Fresko der „Crocefissione“ (Kreuzigung) befindet, von Pietro Perugino 1493-96 als Auftragsarbeit für Dionisio und Giovanna Pucci gemalt, die einer Florentiner Patrizierfamilie angehörten.

Die Darstellung überzieht eine ganze Wand, die durch die Deckenwölbungen und durch die drei Bögen darstellende, aufgemalte Architekturelemente eingeteilt wird. Die harmonische und leuchtende Landschaft schwächt die Dramatik der Szene etwas ab, entsprechend der für den Künstler typischen heitermeditativen Sichtweise.

Unter den dargestellten Personen finden wir die Jungfrau Maria und Johannes den Evangelisten, welche traditionell am Fuße des Kreuzes gemalt werden, doch wurden die anderen Anwesenden gemalt, weil sie eine besondere Bedeutung für die Mönche hatten, die das Kloster bewohnten: Magdalena ist die Heilige, welcher ursprünglich im Jahre 1257, die Kirche geweiht wurde; „Benedetto" (Benedikt) gilt als Vater des abendländischen Klostertums, während Bernhard von Clairvaux (in weißer Kleidung) der große Theologe der Anfangsjahre des Zistersienserordens ist. Die drei dünnstämmigen Bäume, deren Baumkronen hinter der Figur des Heiligen Bernhard verschwimmen, sind vermutlich ein Symbol der Dreifaltigkeit.